De Noctua-ventilatoren zijn verkrijgbaar in twee versies: PWM en FLX..
PWM-ventilatoren: de PWM-versie heeft 4-pins connectoren. Deze regelen de ventilatorsnelheid via het moederbord of andere apparaten.
FLX-ventilatoren: de FLX-versie heeft 3-pins connectoren. Deze regelen de ventilatorsnelheid door de spanning te verlagen óf door gebruik te maken van meegeleverde low-noise-adapters.
De FLX-ventilatoren kunnen ook gebruikt worden op de meeste 4-pins aansluitingen en vice versa.